BLAST 리눅스 서버 command에서 실행하기

0. Input으로 사용할 Sequence data 준비.

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/H_sapiens/mRNA_Prot/

에서 아무거나... faa 확장자 파일 준비.

모든 파일들을 하나로 합쳐서 sequences.faa 라는 파일로 완성..

# head sequences.faa

1. BLAST Linux executable 파일 다운로드

URL: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

NCBI에서, 소프트웨어 다운로드란에 들어가서 BLAST를 다운받는다.

2. wget으로 위의 blast x64-linux.tar.gz파일 다운로드.

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz

(주소는 바뀔 수 있음)

3. blast x64-linux.tar.gz 압축풀기

tar -xvzf ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz

압축을 풀면 다음과 같은 파일이 존재.

bin 폴더에 makeblastdb, psiblast 있는것 확인..

./psiblast -help

Requirements

1. BLAST DB

2. INPUT (= Query Sequence)

4. blastdb 생성

makeblastdb -dbtype prot -in ../sequences.faa

이로서 human refseq sequence에 대한 database 완성.

5. BLAST로 search할 p53 유전자 서열 획득

> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/AKI70249.1?report=fasta

위에서 p53 sequence fasta format을 획득하여, p53_sequence.faa로 저장.

cat > p53_sequence.faa

>AKI70249.1 TP53, partial [synthetic construct]
MEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPENNVLSPLPSQAMDDLMLSPDDIEQWFTEDPGPDEAPRMPEAA
PRVAPAPAAPTPAAPAPAPSWPLSSSVPSQKTYQGSYGFRLGFLHSGTAKSVTCTYSPALNKMFCQLAKT
CPVQLWVDSTPPPGTRVRAMAIYKQSQHMTEVVRRCPHHERCSDSDGLAPPQHLIRVEGNLRVEYLDDRN
TFRHSVVVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCACAGR
DRRTEEENLRKKGEPHHELPPGSTKRALPNNTSSSPQPKKKPLDGEYFTLQIRGREHFEMFRELNEALEL
KDAQAGKEPGGSRAHSSHLKSKKGQSTSRHKKLMFKTEGPDSD

(ctrl + c로 종료)

6. psiblast로 p53 sequene 돌려보기

./bin/psiblast -db ../sequences.faa -query ../p53_sequence.faa > p53_result

# head ./p53_result

PSIBLAST 2.7.1+

Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A.

Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J.

Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of

.... (중략)

Sequences producing significant alignments:                           Score (Bits)     E  Value

  NP_001119584.1 cellular tumor antigen p53 isoform a [Homo sapiens]  806     0.0

  NP_000537.3 cellular tumor antigen p53 isoform a [Homo sapiens]     806     0.0

  NP_001119590.1 cellular tumor antigen p53 isoform g [Homo sapiens]  729     0.0

  NP_001263690.1 cellular tumor antigen p53 isoform g [Homo sapiens]  729     0.0

  NP_001263689.1 cellular tumor antigen p53 isoform g [Homo sapiens]  729     0.0

  NP_001119586.1 cellular tumor antigen p53 isoform b [Homo sapiens]  683     0.0

  NP_001119585.1 cellular tumor antigen p53 isoform c [Homo sapiens]  682     0.0

  NP_001263625.1 cellular tumor antigen p53 isoform i [Homo sapiens]  606     0.0

  NP_001263624.1 cellular tumor antigen p53 isoform h [Homo sapiens]  605     0.0

  NP_001119587.1 cellular tumor antigen p53 isoform d [Homo sapiens]  543     0.0

  NP_001263626.1 cellular tumor antigen p53 isoform j [Homo sapiens]  485     8e-174

(하략)

7. PSSM

./bin/psiblast -db ../sequences.faa -query ../p53_sequence.faa -save_pssm_after_last_round -out_ascii_pssm p53_pssm_ascii.txt > p53_res_psiblast.txt

head p53_pssm_ascii.txt

PSSM 완성